益阳有自然保护区2个，总面积105125.19公顷。其中国家级自然保护区1个，即湖南六步溪国家级自然保护区（红岩省级自然保护区整合优化到六步溪国家自然保护区），面积24881.18公顷；地方级自然保护区1个，即湖南南洞庭湖省级自然保护区（舵杆洲省级湿地公园整合优化到南洞庭湖省级自然保护区），面积80244.01公顷。